孫可望問題對于朱由榔而言一直是個比較棘手的問題，一方面在于，無論如何，孫可望都是當初西軍僅次于張獻忠的二號人物，但目前的明軍當中，西軍可以說是最大的一座“山頭”。
如果直接殺了他，會不會激起兵變？或者讓一些將領產生嫌隙和兔死狐悲之心？
現在的光復軍當中主要分為四派，即西軍一系、忠貞營一系，和朱由榔親自在肇慶將江南與兩廣的各路潰軍，捏合在一起的中軍，被文武官員們私下稱呼為“肇慶系”。
當然還有自成一體、油鹽不進的鄭氏一系。
這也就是為什么之前朱由榔不敢搞激進的整編或者軍制改革之類的事，因為他知道，那時候絕大部分軍隊只是名義上歸屬于明廷而已。
但桂北一戰之后，情況便大不相同了。
這便要說到桂北之戰的第二個戰果，就是大大的增加了朝廷影響力，首先在此戰當中，朝廷擔負起了軍隊的后勤供應，西軍沒有像歷史上那樣南進云南，故而眼下的西軍是一支無根浮萍，必須依賴于肇慶朝廷的供給。而大量的傷亡減員和那三萬五千俘虜的補入，又大大稀釋了各個獨立派系的影響力。而且朱由榔通過御駕親征的方式，身先士卒，在基層官兵心中已經樹立起了龐大威望，就算有人想作亂，恐怕也未必能拉得動下面的軍士。
有些事情也就可以做一做了，畢竟信任歸信任，但身為領導者、統治者，該有的手段還是要有的。
害怕自己做得會不會讓武將們產生什么其他心思，朱由榔還專門請教了瞿式耜和呂大器。
呂大器卻表示，今非昔比了，之前不去做那是因為時機不成熟，如今天子威望無以復加，拆分軍中派系，限制武將這種事哪朝哪代都要做，你不去做，武將們還擔心呢，深怕你是不是打算將他們“捧殺”，用完就扔？相反做了之后，他們才會放心，你是真的將他們視為臣子。
得到呂大器指點的朱由榔立馬就動了手。
首先是對前軍的忠貞營一系，這次李過所部斬殺尼堪，全殲八旗數千精銳，居功至偉，升任李過為光復中軍都督，留下的前軍都督同知缺口由在桂北防御戰中負責指揮，立下大功的中軍左師總兵趙印選接任。其下將領郝搖旗參與多次戰役，沖鋒在前，升任中軍僉事，總兵缺口由劉體純補任。
還有斬殺了尼堪的李來亨，被升為總兵，但卻是調回肇慶，另有任用。
而對于西軍一系則要謹慎一些，在擊破孔有德中軍時立有大功的馮雙禮被提拔為中軍都督僉事，他的總兵位置由胡一青接任。除此之外兩軍下面的副將、參將一級也互有調動，比如中軍參將張承宗到了前軍當副將，而李景興則到了左軍當副將。
一波操作下來，前、左、中三軍就成了你中有我、我中有你的犬牙交錯之態，中央朝廷的權威得到空前鞏固。
除了人事調動，還有防區安排，戰爭已結束，不可能所有人都擠在廣東吧？其他地方還守不守了？
光復前軍駐守湖廣，中軍駐守廣東、閩南，左軍駐守廣西、貴州。
對軍隊編制也進行了進一步規范，原本的每軍前后左中右師改為一、二、三、四、五的數字排列，這一方面是容易叫岔嘴，比如左軍前師、前軍左師，太易混淆，另一方面日后東征兩江、北伐中原，肯定還要擴軍，也為以后的編制留空間。
其下每營參將下轄三名千總，每千總轄三把總，每把總轄四哨總，每哨總轄四隊正，每隊轄四伍。
其中，朱由榔沒有采取戚繼光的11人為一隊的基層編制，而是采取了俞大猷20為一隊的編制。這是李定國的建議，因為戚繼光所部編制是為了對付以小規模襲擊為主的倭寇和蒙古散騎，而眼下和清軍作戰則都是以步騎混雜的大兵團為主，并不適合。
事實上戚繼光到了薊鎮以后，也因地制宜改變了編制，創造出車陣戰術來。
以二十人為一隊，則一哨便能結成一個小方陣，不再像戚家軍那種“花隊”，也就是一隊當中有好幾種兵種，拿火銃的、刀矛的、狼筅的都有，而是采用“整隊”式編成，一隊當中統一使用一種兵器，比如長矛隊、刀牌隊、火銃隊。
嚴格編制之后，每營包含親兵、伙夫等編制，限定為三千二百五十人。整編之后，整個大明光復軍兵額限定為十五萬人整。
所有十六歲以下，三十八歲以上兵員就地裁汰，朱由榔也不虧待他們，對于年紀大被退役的，基本都被安排到府縣里當衙役、公差，或者在被裁撤后的原衛所軍田上分出土地屯田。
而十六歲以下，朱由榔更加重視，他將這些娃娃兵們統一帶回肇慶，編為一個“羽林旅”，大約有兩千多人，作為未來的親信青年軍官培養。這些少年人一方面已經有了一些戰場經驗，膽子不小，另一方面年紀尚幼，還沒被封建軍隊這個大染缸徹底染成“兵油子”，有著極強可塑性，是培養“近代化”新式軍官的天然原材料。
而且朱由榔還打算再招募兩千十八歲以上，二十四歲以下的青壯，編為一個“虎賁旅”，作為以后可以直接投入使用的“速成軍官”。羽林旅是為未來建立新式軍隊準備的預備軍官團，而虎賁旅則是為眼下改造舊軍隊準備的速成軍官團。
兩旅合稱“御前教導師”，而第一任總兵便是之前調過來的李來亨。
幾管齊下，無不是在加強天子權威，切割軍隊派系，培養親信勢力，朝中文官自然是舉雙手贊成，武將們雖然有些心驚，但也算松了一口氣，該來的總是要來的，何況皇帝做的也不過分，哪怕是調動，基本上也都是升官。
此后朱由榔便將孫可望打發到了海南島上的瓊州府，讓他當了一個知縣，說起來歷史上的孫可望還是個搞民政的好手，要是真做得不錯，讓他做個文官來用也不是不行嘛，說不定這才是他適合的崗位呢？
等李定國拿下了云南，朱由榔就可以考慮將孫可望放到云南去，搞一搞民政、經濟，帶兵雖然不可能了，但他也希望這廝能如同歷史上一樣，在治理地方這一塊井井有條。
所有人都只把這些措施和調動當做天子和朝廷平衡武將，加強權柄手段。
但唯有朱由榔和他一直咨詢商議的李定國明白，這些措施意義不止于此，想要打敗滿清，光靠之前那種已然腐朽的軍閥式軍隊是不夠的。作為一名穿越者，既然擁有一些超乎時代的眼光，就不應當白費，一支近代化，至少應該是“戚家軍”那種級別的新式軍隊迫在眉睫。
軍隊改革之后，李定國便帶領左軍將士回到廣西、貴州駐守，并著手準備對云南沙定洲的攻略行動。
就在這一片欣欣向榮的氣象之中，一個壞消息卻從海上傳來，讓朱由榔勃然大怒。
南面越南的黎朝和占婆、柬埔寨三國都拒絕了廣州海船商隊的購糧請求，而其余如廣南國、華英國畏于三國態度，也表示“還需考慮”。
誰給他們的膽？
勞資收拾不了清兵，還收拾不了你？真以為明朝快沒了，看不住這片場子了是吧？
“謝潁，擬旨，讓光復海軍朱都督回肇慶覲見！”
朱由榔吩咐中書舍人謝潁道
正好這些天朱成功的海軍因為多鐸變態的禁海政策，在閩北、浙江那邊難以再取得進展，干脆召回來，干票大的！
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