南京紫禁城的乾清宮，和北京一樣，坐落在后宮正中，以乾清門為界限，把三大殿為主的前朝，和以乾清、坤寧二宮的后廷分開。
好在之前洪承疇臨死瘋狂，四處縱火，主要集中在前朝，后廷的建筑群并未遭受太大破壞，東西六宮都還算完整，除了原本由于年久失修產生的殘破，倒不至于住不了人。
朱由榔進入南京城后，便徑直入駐乾清宮，當然，在此之前，先是帶著人去清掃祭拜宗廟。
南京既克，肇慶那個臨時朝廷便完成了自己的歷史使命，權力中心的搬遷已經提上日程。
事實上，軍山湖大捷之后，消息傳到南面，瞿式耜等人便已經明白，朝廷北上只是時間問題，開始做好準備，南京克復之后，朱由榔立即派人南下報捷。
此時，南面朝廷中樞恐怕已經在路上了。
再回到南京，當明軍旗幟進入南京城的那一刻，就意味著自去年開始籌備的東征戰役已經基本結束，整個戰場都進入了收尾階段。
清軍勢力退出長江以南，將在一個月之內成為既定事實，但某位革命導師說得好，掃帚不到，灰塵不會自己跑掉，勝利之前，滿朝上下都在聚精會神地對付多鐸這一個敵人，但勝利之后，雖然是“宜將剩勇追窮寇”，但想要把窮寇徹底驅逐干凈，也是一件麻煩事。
眼下，多鐸這一最大野戰兵團灰飛煙滅，原本清軍“八王會剿”的戰略態勢立刻被沖得七零八落，長江以南，清軍主要剩下四股力量。
其一是濟爾哈朗從荊州部分渡江南下，直抵岳陽的一兩千精銳，眼下已經準備撤回。
其二，則是軍山湖之戰的幸存者——耿仲明和譚泰。
這二位的情況就比較尷尬了，軍山湖一戰，多鐸傾盡江南精銳，全軍覆沒后，只給尚在都昌的二人兩萬綠營殘兵。
這點蝦兵蟹將怎么可能和大勝之后的明軍打擂臺，譚泰或許還有猶豫，但經驗豐富的耿仲明二話不說，直接帶著親信兵馬跑路安慶。
譚泰無奈，只得相從，風聲鶴唳之下，背后又有李定國騎兵追擊，二人趁著此時鄭成功艦隊尚未入江，匆忙逃跑，到了安慶城下，卻是只剩幾千士卒。
面臨如此情狀，之前在桂北就有過一次經歷的耿仲明自然無語問青天，譚泰倒是識大體，第一時間聯系了勒克德渾，幫助其穩住江北。
其三，就是清軍現在唯一僅剩，還在江南的野戰兵團——博洛了，軍山湖之后，博洛立即拔軍北上，連福建都不要了，直奔南京，希望搶在朱由榔之前，穩住南直隸。
結果半路被李定國偏師截胡，只得展開對峙，再加上吳王方面浙東、浙南義軍一見情勢轉變，全線出擊，抄了勒克德渾出兵后空虛的浙江，占領諸多府縣，一時前后受敵、無法脫身。
眼下正與李定國在浙西鏖戰，博洛大軍看起來不少，有五六萬，但實際過半都是新兵，真正的八旗精銳更是只有三四千而已，外強中干。
南京乾清宮大殿之中，朱由榔雖說當了兩年多皇帝了，但還是第一次住進真正的皇宮，之前的麗譙樓雖說也號稱“永明宮”，但其實也就是個衙門大小罷了。
朱紅色的丹陛，金碧輝煌的皇位，雕龍畫鳳的梁柱，以及地面上那反光的鏡面般磚石，讓這個山寨皇帝第一次真正體會到什么叫九五之尊，只可惜奉天殿被洪承疇那個殺千刀的焚了，否則比這乾清宮宏偉壯麗多了。
皇位之下，大殿之中，文武分站兩班，由于內閣、六部等中樞還沒抵達南京，文官這邊顯得相當寒蟬，只有陳子龍等有策應之功的原弘光、隆武朝官員充門面。
雖然對于江南士紳，還有敲打之意，但對于陳子龍這種立有大功的文官士子，朱由榔還是相當不吝嗇的。
陳子龍在隆武朝時，是兵部左侍郎，朱由榔恢復了他兵部侍郎的職銜，還讓其兼任副都御史，督撫江南諸府（指長江以南的南直隸地區，今安徽、江蘇南部）。
陳子龍自然是感激莫名，領旨謝恩，看起來好像只是官復原職，事實上隆武朝那個所謂兵部侍郎根本就是虛職，那時候隆武帝的旨意能不能出福建都不知道，之所以授他兵部侍郎，完全是因為當時他參加了吳昜的抗清起義，籠絡罷了。
而朱由榔這個已經基本平定江南，劃江而治的兵部侍郎和副都御史，那才是實打實的權柄！
不僅是陳子龍，同樣參加了起事的冒襄，也被拔擢為南直隸按察副使，這已經相當恩寵了，畢竟此時的冒襄，連舉人都不是（歷史上他六次科舉均不中，明亡后順治、康熙多次下詔征召，其人堅決不仕），居然一躍被任命為從四品的按察副使，堪稱優渥。
但冒襄卻婉拒了，經過國破家亡，又力挽狂瀾的數載激蕩，這位曾經的浪蕩公子獲得了自己的成長，也許是目睹并親身參與了社稷離難、天子戡亂，對他原本那江南士大夫的清談、傲物性子產生了空前沖擊。
冒襄居然主動請纓，他打聽到天子在軍中設立文官，希望以此革新風氣，同時也意圖培養一批如堵胤錫這般允文允武的人才，他希望能夠去軍中任職效命。
這一決定，在這個年代還是比較驚世駭俗的，尤其冒襄本人乃是復社的核心人物，當年金陵呼風喚雨的“青年才俊、清流士子”，做出如此抉擇，令江南士林都嘩然一片。
朱由榔不禁大為欣賞，思慮再三，卻是突發奇想，把其人扔給了鄭成功海軍中，擔任錄事參軍。
之前朱由榔一直都不干預海軍的人事，但很顯然，拿下金陵后，明廷已經正式轉變為一個穩定政權，而不是之前那樣的逃亡政權了，有些事情也不能睜一只眼閉一只眼。
即使從鄭氏自己的利益出發，繼續保持現在這種完全獨立狀態，也不是一件好事，否則朱由榔能忍，以后的皇帝能忍嗎？想要保全一個臣子，就不要讓他手里的權力太大。
但朱由榔不是那種兔死狗烹的人，何況兔子還沒死呢，而且是面對鄭成功這種民族英雄，他還是希望用一個緩和的手段完成目的。
派駐文官是第一步，接下來穩固江南后，會逐漸給海軍安排固定的港口、駐營，將其駐扎地控制在朝廷手中，而后以賞賜提拔的方式，調動人事部屬，逐漸拆散派系，最后將糧餉從鄭氏自己負擔，轉為朝廷主動負擔，再讓擴軍征召新卒，以一種溫水煮青蛙的方式完成掌控。
鄭成功也不傻，當然明白天子這一舉動背后的深意，但他沒有排斥，畢竟此時的鄭成功還不是后來那個獨霸東南的延平王，而是一個初出茅廬不久，帶兵兩年多的青年將領罷了，對于明朝的忠誠，尚未轉變為對歷史上那般南明失望后，決定“獨臂擎天”的野心。
而最讓整個南京城都傳言討論的，還是年紀最幼的夏完淳，畢竟是教科書里露過臉的人物，朱由榔格外好奇，召其為中書舍人。
但卻被夏完淳拒絕，其人覺得自己無有功名，不能出仕，堅持要等日后開科舉，進士及第，而且其父身死未滿三年，此時出仕，是為不孝。
對于朱由榔這個后世人而言，這種舉動也許比較迷惑，但對這個時代的士民而言，夏完淳的舉動堪稱忠孝楷模、道德典范。
拿下南京的各種瑣事解決完后，明軍上下只休整了一兩日，幾乎毫不猶豫地繼續出擊。
李過建言，必須要趁此清軍動蕩時機，向江北發動全面進攻，至少要拿下安慶、揚州等重鎮，否則長江不足為屏障。
于是乎，剛剛入城沒兩天的明軍再次開拔，光復前軍劉體純等三個師南下馳援李定國，合力解決掉博洛，剩下光復中軍和光復海軍一齊北上，劍指淮河流域！
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